La construcción de la planta se inició en el año 2003 en el paraje conocido como La Rad de Varea. Para su localización se tuvieron en cuenta criterios ambientales, logísticos y sociológicos de modo que las molestias a la población fuesen mínimas y se optimizase la gestión del transporte de los residuos desde los municipios de origen hasta la planta.

La ejecución de las obras se prolongó hasta principios de 2005. El diseño y la construcción del Ecoparque de La Rioja contemplaron varias medidas de minimización y control ambiental como:

• Definición de los edificios a baja altura para evitar el impacto paisajístico.
• Construcción de recintos de trabajo cerrados para evitar la dispersión de residuos y olores por el viento, además de facilitar el tratamiento del aire.
• Montaje de una estación depuradora de aguas residuales para tratar las aguas excedentarias de los procesos de biometanización.
• Construcción de biofiltros para eliminar los malos olores.